Когда Падмасамбхава пришел в Тибет, одна из них отказалась его признать и попробовала от него убежать. Но куда бы она ни прибегала, везде натыкалась на Падмасамбхаву. То он, дожидаясь ее, танцевал на вершине горы, то сидел на камне в долине. В конечном итоге она решила спрятаться в озере, но Падмасамбхава превратил его в расплавленное железо, и ей пришлось сдаться, преклонившись перед вездесущим умом Падмасамбхавы и его способностью находиться сразу во всех местах.

Во время пребывания в Тибете (всего около 55 лет) Падмасамбхава достиг очень многого, обучая местных жителей преодолевать ограниченность своего восприятия и искоренять заблуждения. Он посвятил многих своих последователей в глубочайшие буддийские учения, в том числе передал наставления Высшей Йога-Тантры, Дзогчена («Великого Совершенства») своим ближайшим ученикам; включил магические традиции бонской религии в буддизм, изменив их «окраску», и подчинил местных божеств и духов, связав их клятвой охранять буддийское учение; освятил место строительства монастыря Самье, после чего тот превратился в крупнейший центр изучения и перевода буддийских писаний и так далее. Падмасамбхава искренне полюбил тибетцев. Его деятельность привела к тому, что Тибет вышел на новый этап духовного развития. И по сей день тибетцы считают Гуру Ринпоче своим духовным отцом.

«Безумная мудрость» Падмасамбхавы проявилась и в том, что он укрывал с помощью учеников во многих местах священные реликвии, а также тайные учения, предназначенные для будущих поколений. Это делалось с тем, чтобы защитить тайные тантрические учения от исчезновения и искажения глупцами и интеллектуалами в будущем. Для каждого из этих сокровищ, называемых «терма», Гуру Ринпоче оставил подробные указания о времени их открытия в будущем, а также назвал ученика, который их откроет. Эта направленность в будущее его духовной миссии и определила то особое место, которое Падмасамбхава занял во внутреннем мире тибетцев, и его значение для настоящего времени.