Убежденная такими доводами старицы, матушка Арсения с душою, полною мужества и готовности к новому подвигу, приняла предлагаемую ей должность 3-го января 1864 года, на 31-м году своей жизни она была посвящена в сан игумении архиепископом Иоанном в Новочеркасске.

Несмотря на всю готовность потрудиться в настоятельской должности, для матери Игумении Арсении переход от жизни уединенной к деятельности общественной был очень тяжел. Новые условия жизни предъявляли свои права: она чувствовала, точно поток какой-то увлекает ее в иную жизнь. Она боялась, что он унесет ее далеко и невозвратно от дорогого для нее безмолвия, и потому всеми силами души старалась держаться возле схимницы Ардалионы, которую упросила перейти жить с нею в игуменский дом. Схимница, видя часто ее взволнованной, говорила ей: "Ты не можешь свободно действовать в том мире, где ты видишь, что меня уж нет, потому что боишься отклониться от меня и моей жизни. Я же вижу, что хотя поддерживаю твой дух, но мешаю тебе жить. А что мешает нам на пути, от того надо отрекаться, хотя это будет единодушный друг, или даже наставник".

Схимница не могла долго ужиться в игуменском доме и стала просить мать игумению отпустить ее в затвор. Для этого матушка начала строить ей на средства своей родной сестры, Аграфены Михайловны Мержановой, небольшую келлию в монастырском саду. Но не успели окончить постройку, как Господь призвал схимницу в иной мир. Сильно, до болезни, скорбела мать Арсения о потере духовной матери, тем более что умерла она в ее отсутствие, когда матушка ездила навестить отца своего. Казначея монастыря, матушка Валерия, распорядилась похоронить схимницу, не дожидаясь возвращения матушки, чем еще более усилила ее скорбь.

Умерла схимница, но жива осталась она в сердце матушки. Вера в свою духовную наставницу поддерживала, укрепляла ее дух. Матушка часто посещала дорогую для нее могилку и там поверяла ей, как живой, все свои скорби, сомнения и получала обильное духовное утешение.