Спасительным выходом из затруднений казалось предложенное ему место профессора церковной истории и догматики в Цюрихском университете. Приглашение объяснялось тем, что в кантоне к власти в начале 40-х годов пришли либеральные силы, которые стремились расширить гражданские права, улучшить дело образования, обеспечить религиозную свободу и в этом плане сочли кандидатуру Штрауса вполне для себя приемлемой. Однако хотя университет и кантональное правительство приняли решение о зачислении Штрауса на должность, мобилизованная клиром общественность не позволила ему занять ее. Церковью была развернута широкая антиштраусовская кампания в прессе, составлялись петиции, публиковались памфлеты - одним словом, были приведены в действие все существовавшие в то время рычаги манипулирования массовым сознанием. Завершилась кампания своеобразным референдумом (мнение граждан выявляли священнослужители), в ходе которого почти 40 тысяч человек высказались против Штрауса и лишь тысяча с небольшим - "за". Таким образом, демократический механизм был умело использован для того, чтобы не пустить в Цюрихский университет профессора, образ мысли которого отклонялся от оберегаемых стандартов.

Штраус окончательно становится свободным писателем, живущим литературным трудом. Он пробует силы в разных жанрах: пишет литературоведческие статьи, рецензии, весьма квалифицированные работы о музыке, изредка выступает по вопросам политики. Однако наиболее значимы его исследования творческих биографий личностей, утверждавших себя в борении против политических, религиозных, культурных стереотипов и рутины. Как правило, это фундаментальные по объему, богатейшие по материалу и концептуально продуманные работы.