Переехать в Среднюю Азию, в сухой жаркий климат, семью Войно-Ясенецких заставила болезнь Анны Васильевны. Супруга Валентина Феликсовича еще в Переславле-Залесском заразилась туберкулезом легких. В Ташкенте ее состояние несколько улучшилось. Шел трагический для всего русского народа семнадцатый год, Гражданская война была в самом разгаре, бушевала она и в Туркестане. В это время Ташкентская городская больница на 1000 коек, куда был назначен главным врачом Валентин Феликсович Войно-Ясенецкий, очень напоминала земскую: такая же бедность во всем, плохие железные кровати, забитые больными палаты и коридоры. Профессор Ошанин, коллега Валентина Феликсовича, вспоминал, что на улицах Ташкента тогда было далеко не безопасно, нередки были перестрелки. Кто, в кого, зачем стрелял, не всегда бывало понятно — но жертвы были. Раненых привозили в больницу, и Войно-Ясенецкого нередко вызывали среди ночи на операции. При этом никто и никогда не видел его раздраженным или недовольным. Случалось, раненые поступали один за другим, и он всю ночь оперировал. По свидетельству медицинского персонала, в операционной Валентин Феликсович никогда не повышал голос, говорил спокойно, ровно. С таким хирургом было хорошо работать всем: и ассистентам, и медицинским сестрам.

В 1919 году в Ташкенте было жестоко подавлено восстание против новой власти Туркменского полка, началась расправа с участниками контрреволюции. По ложному доносу Войно-Ясенецкий оказался в их числе и провел под арестом сутки. Для многих арест закончился расстрелом. Валентина Феликсовича отпустили, но его жена пережила тяжелое нервное потрясение. Это пагубно сказалось на ее здоровье. Болезнь прогрессировала, и вскоре Анна Васильевна умерла, оставив четверых детей, из которых старшему было двенадцать лет, а младшему — шесть.