Наряду со священническим служением отец Валентин Войно-Ясенецкий по-прежнему оперировал и преподавал на кафедре в медицинском университете. «Мне пришлось совмещать свое священническое служение с чтением лекций на медицинском факультете, слушать которые приходили во множестве и студенты других курсов. Лекции я читал в рясе с крестом на груди: в то время еще было возможно невозможное теперь. Я оставался и главным хирургом Ташкентской городской больницы, потому служил в соборе только по воскресеньям. Преосвященный Иннокентий, редко проповедовавший, назначил меня четвертым священником собора и поручил мне все дело проповеди. При этом он сказал мне словами апостола Павла: «Ваше дело не крестити, а благовестити“» (ср.: 1 Кор. 1, 17), — вспоминал он.

Принятие сана произвело огромную сенсацию в Ташкенте, а сам Войно-Ясенецкий говорил о причинах, побудивших его к началу служения Церкви, так: «При виде кощунственных карнавалов и издевательств над Господом нашим Иисусом Христом мое сердце громко кричало: «Не могу молчать!“. И я чувствовал, что мой долг — защищать проповедью оскорбляемого Спасителя нашего и восхвалять Его безмерное милосердие к роду человеческому».

Промысел Божий поставил отца Валентина в это тяжелое и смутное время защитником христианства. Немой проповедью было и то, что лекции в Ташкентском университете он читал неизменно в рясе и с крестом на груди. Кроме проповеди за богослужением, он проводил беседы каждый воскресный день после вечерни в соборе, и это были, как вспоминал сам святитель, «долгие беседы на важные и трудные богословские темы, привлекавшие много слушателей, целый цикл этих бесед был посвящен критике материализма».

В 1921–1923 годах власти и «живоцерковники», созданные как раскол внутри самой Церкви, устраивали в Ташкенте специальные диспуты с целью атеистической пропаганды. У отца Валентина Войно-Ясенецкого не было специального богословского образования, но его огромная эрудиция, искренняя вера в Бога и знание учения отцов Церкви позволяло одерживать блестящие победы в многочисленных дискуссиях и диспутах.