Этот случай положил начало обвинению пророка в государственной измене. За каждым его словом стали следить, между тем развязка приближалась.

Царь Седекия, против воли, заключил союз с Египтом и восстал против Вавилона. Немедленно Навуходоносор поспешил к мятежному городу, сжигая все на своем пути. Вскоре Иерусалим был осажден. Среди князей началось смятение, торопились укреплять город, в ужасе взывали к Яхве. На мгновение счастье как будто бы улыбнулось: египтяне ударили в тыл халдеям. Осада была снята, и рабы немедленно были снова возвращены своим хозяевам, невзирая на гневные протесты Иеремии.

В 1936 г. археологи нашли переписку иудейского военачальника того времени, в которой говорилось о возмутительных речах какого-то пророка. К сожалению, место с его именем обломано, но сохранились последние буквы "ия". Вероятнее всего, здесь идет речь о Иеремии, за которым был установлен бдительный надзор.

С тяжелым сердцем решает пророк покинуть обезумевший город и удалиться в свой родной город Анафоф, но его схватывают в воротах и обвиняют в намерении перейти на сторону халдеев.

Иеремию бросают в темницу Это были самые горькие дни его жизни. Он, больше всего желающий блага народу, оказывается как бы его изменником. Пророка терзали сомнения, ему было невыносимо дальше нести свое бремя. Мучительное раздвоение и внутренняя борьба сквозят в его стихах, относящихся к этому времени. Лишенный поддержки, одинокий, не имеющий семьи, оторванный от всех, кто был ему дорог, он находил силу лишь в несокрушимой вере в правоту своей миссии. Он обращался к Яхве со словами, проникнутой лирической интимностью и задушевной теплотой. Иеремия стал отцом религиозного индивидуализма, отрывающего религию от народа, страны, общества.

От казни спас Иеремию царь Седекия. Он сам ночью приходил советоваться с мудрецом. Но сторонники продолжения войны подавили все миротворческие попытки царя.