После возвращения иудеев из вавилонского плена вступление иудейских народов в иудейскую общину не запрещалось. Однако реформы Эзры и Нехимии изолировали иудеев и не давали другим народам смешиваться с представителями иудаизма, а иудеям с представителями других обществ. В этот период "завершился необходимый по условиям тогдашнего времени процесс обособления иудейского народа от соседних племен" [Там же, с. 39].

С. Дубнов пишет, что с того времени "самаритяне окончательно потеряли надежду на религиозный союз с иудеями, дорожившими чистотой расы. У них возникло стремление выделиться в особую религиозную общину независимо от иудейской и ее центра - иерусалимского храма.

Чтобы удовлетворить этой религиозной потребности самаритян, вождь их Санбалат решил воздвигнуть для них особый храм, который мог бы соперничать с иерусалимским. Новый храм был построен близ староэфраимского города Сихема, на горе Гаризим, освященной в древних преданиях как "Гора благословения". Первосвященником в этом храме был назначен зять Санбалата, тот внук иерусалимского первосвященника Элиашива, которого Нехимия исключил из иудейской общины.

Другие, бежавшие из Иудеи левиты и книжные люди, скомпрометированные на родине, образовали ядро самаритянского духовенства. Из смеси иудейских и старых полуязыческих элементов образовался религиозный культ самаритян. Священным кодексом признавались у них пять книг Торы. В позднейшее время они присоединили к Пятикнижию "книгу Иошуи" в совершенно измененном тексте, наполненном вымышленными легендами об истории самаритян" [Там же, с. 39]. Далее С. Дубнов отмечал, что "с течением времени самаритяне образовали довольно многочисленную народность, в лице которой Иудея приобрела непримиримого врага" [Там же, с. 40].

При взятии Иудеи войсками Александра Македонского иудеи получили возможность вступать в армию завоевателей с получением определенных привилегий, "на что многие изъявили согласие" [Там же, с. 70]. Греческие завоеватели принесли большие изменения в жизнь Палестины. Иудею ввели в новообразованную провинцию Келесирию или Южную Сирию, а резиденцией был избран город Самария. Первым греческим наместником стал военачальник Андромах. Предания древних греков гласят, что самаритяне были недовольны им и восстали. Андромах был схвачен и казнен.