Более развернутую периодизацию истории инквизиции дает итальянский прогрессивный историк Р. Лонгоне. Он делит историю этого учреждения на следующие этапы:
"примитивная" инквизиция времен раннего христианства;
императорская, которая осуществлялась по указаниям христианских императоров римскими префектами и губернаторами; епископальная - от распада римской империи до XIII в.; собственно инквизиция ("священный" трибунал), возглавляемая папой и непосредственно руководимая доминиканцами и францисканцами; государственная инквизиция, проводимая совместно светской и церковной властью (князем, королем или императором) при поддержке церковной иерархии; испанская инквизиция, возглавляемая великим инквизитором, назначаемым королем и утверждаемым в должности папой римским; колониальная (испанская и португальская) инквизиция и, наконец, всеобщая, или вселенская, она же римская, инквизиция в лице конгрегации священной канцелярии, просуществовавшая с 1542 г. до наших дней.
Однако в этом вопросе трудно установить какие-то твердые рамки. В многовековой запутанной истории католической церкви не всегда можно разграничить инквизиторскую деятельность епископов и "священных" трибуналов. Известны случаи, когда при наличии инквизиции церковь использовала епископов или другие церковные инстанции для расправы со своими идейными противниками, как это имело место в деле Лютера или в расправе над Яном Гусом, учиненной Констанцским собором.