Поместный Собор образовал два органа коллегиального управления Церкви в промежутках между Соборами: Священный Синод и Высший Церковный Совет. К компетенции Синода были отнесены дела иерархическо–пастырского, вероучительного, канонического и литургического характера, а в ведение Высшего Церковного Совета — дела церковно–общественного порядка: административно–хозяйственные и школьно–просветительские. И наконец, особо важные вопросы — о защите прав Церкви, о подготовке к предстоящему Собору, об открытии новых епархий — подлежали совместному решению Священного Синода и Высшего Церковного Совета.

В состав Синода входили, помимо его Председателя–Патриарха, 12 членов: митрополит Киевский по кафедре, 6 архиереев по избранию Собора на три года и пять епископов, вызываемых по очереди на один год. Из 15 членов Высшего Церковного Совета, возглавляемого, как и Синод, Патриархом, три архиерея делегировались Синодом, а один монах, пять клириков из белою духовенства и шесть мирян избирались Собором. Выборы членов высших органов церковного управления состоялись на последних заседаниях первой сессии Собора перед его роспуском на рождественские каникулы.

Поместный Собор избрал в Синод митрополитов Новгородского Арсения, Харьковского Антония, Владимирского Сергия, Тифлисского Платона, архиепископов Кишиневского Анастасия (Грибановского) и Волынского Евлогия.

В Высший Церковный Совет Собор избрал архимандрита Виссариона, протопресвитеров Г. И. Шавельского и И. А. Любимова, протоиереев А. В. Санковского и А. М. Станиславского, псаломщика А. Г. Куляшова и мирян князя Е. Н. Трубецкого, профессоров С. Н. Булгакова, Н. М. Громогласова, П. Д. Лапина, а также бывшего министра исповеданий Временного правительства А. В. Карташова и С. М. Раевского. Синод делегировал в Высший Церковный Совет митрополитов Арсения, Агафангела и архимандрита Анастасия. Собор избрал также заместителей членов Синода и Высшего Церковного Совета.