Тон этого послания не мог, конечно, способствовать смягчению сложившихся тогда напряженных отношений между Церковью и новым Советским государством. И все-таки в целом Поместный Собор сумел воздержаться от поверхностных оценок и выступлений узко политического характера, сознавая относительную значимость политических явлений в сравнении с религиозными и нравственными ценностями.
По воспоминаниям митрополита Евлогия, высшей точкой, которую духовно достиг Собор, явилось первое после интронизации появление на Соборе Патриарха: „С каким благоговейным трепетом все его встречали! Все — не исключая „левых“ профессоров… Когда… Патриарх вошел, все опустились на колени… В эти минуты уже не было прежних несогласных между собой и чуждых друг другу членов Собора, а были святые, праведные люди, овеянные Духом Святым, готовые исполнять Его веления… И некоторые из нас в этот день поняли, что в реальности значат слова: „Днесь благодать Святаго Духа нас собра…“
Заседания Собора приостановились на Рождественские каникулы 9 (22) декабря 1917 года, а 20 января 1918 года открылась вторая сессия, деяния которой продолжались по 7 (20) апреля. Они проходили в здании Московской духовной семинарии. Начавшаяся гражданская война затруднила передвижение по стране; и 20 января на Соборное заседание смогли прибыть только 110 членов Собора, что не обеспечивало кворума. Поэтому Собор вынужден был принять особое постановление: проводить заседания при любом количестве присутствующих членов Собора.