Крайне напряженный характер приняла дискуссия о единоверии — давнем и сложном вопросе, отягощенном застарелыми недоразумениями и взаимными подозрениями. В отделе единоверия и старообрядчества не удалось выработать согласованный проект. Поэтому на пленарном заседании было представлено два диаметрально противоположных доклада. Камнем преткновения явился вопрос о единоверческом епископате. Один докладчик, епископ Челябинский Серафим (Александров), выступил против рукоположения епископов–единоверцев, усматривая в этом противоречие основанному на канонах территориальному принципу административного деления Церкви и угрозу отделения единоверцев от Православной Церкви. Другой докладчик единоверческий протоиерей Симеон Шлеев предложил учредить самостоятельные единоверческие епархии, после резкой полемики Собор пришел к компромиссному решению об учреждении пяти единоверческих викарных кафедр, подчиненных епархиальным архиереям.
Вторая сессия Собора совершала свои деяния, когда страна была охвачена гражданской войной. Среди русских людей сложивших свои головы в этой войне были и священники. 25 января (7 февраля) 1918 года бандитами в Киеве был убит митрополит Владимир. Получив это печальное известие, Собор вынес постановление, в котором говорится:
„1. Установить возношение в храмах за богослужением особых прошений о гонимых ныне за Православную веру и Церковь и скончавших жизнь сбою исповедниках и мучениках…
2. Установить по всей России ежегодное молитвенное поминовение в день 25 января или в следующий за сим воскресный день (вечером)… исповедников и мучеников“.