Через полтора года указом императора была учреждена должность обер-прокурора Святейшего Синода, на которую назначался «из офицеров добрый человек». Обер-прокурору надлежало быть в Синоде «оком государя и стряпчим по делам государственным». На него возлагался контроль и надзор над деятельностью Синода, но отнюдь не возглавление его. В самый день открытия Синода встал вопрос о возношении имен Восточных патриархов за богослужением. Решен он был не сразу. Архиепископ Феофан высказался против такого возношения. Ему нужно было, чтобы из народной памяти исчез сам титул патриарха, а аргументы его сводились к соблазнительной софистике: он ссылался на то обстоятельство, что в актах любого государя имена союзных ему монархов не фигурируют, будто политический союз подобен единству Тела Христова. Мнение составителя «Регламента» восторжествовало: имена патриархов исчезли из богослужений в русских храмах. Исключение допускалось лишь в тех случаях, когда первоприсутствующий член Синода совершал Литургию в домовой Синодальной церкви.
Президент Синода митрополит Стефан, не присутствовавший на заседаниях при обсуждении этого вопроса, подал свое мнение письменно: «Мне видится, что в ектениях и возношениях церковных явственно можно обоя вместити. Например, так: о Святейших Православных Патриархах и о Святейшем Правительствующем Синоде. Какой в этом грех? Какой убыток славы и чести Святейшему Российскому Синоду? Кое безумие и непристой-ность? Паче же Богу приятно и народу весьма угодно было бы».