«Экзарх и блюститель», мечтавший об архиерействе у себя на родине, принял свое назначение со скорбью. К тому же в Москве его встретили недружелюбно и даже враждебно, считали чужаком, обзывали «обливанцем, поляком, латынником». Возвышение митрополита Стефана встревожило и Православный Восток. Строгий ревнитель Православия патриарх Иерусалимский Досифей в 1702 году писал Петру, умоляя его не назначать на архиерейские кафедры «ни черкас, ни греков», а только православных москвичей, «аще и не мудрии суть», «чтобы и в Патриархи не попал ни грек, ни иные какие породы человек, сиречь от Малыя и Белыя России, которые вскормилися и учатся в странах и школах латинских и полонских». А еще через год патриарх Досифей прислал послание самому митрополиту Стефану, в котором сурово предупреждал его, что на Востоке не потерпят, чтобы он стал патриархом. Скоро однако выяснилось, что Петр ошибся в выборе местоблюстителя. Вероятно, тогда ему слишком упрощенно представлялся характер западного образования, и он не предполагал, что «западник и латынник» может оказаться более крутым противником церковной реформы на протестантский лад, чем великорусские архиереи. Митрополит Стефан, воспитанный в католических школах, был горячим поборником высокого авторитета Церкви и ее независимости от государства.

Как и великорусские архиереи, он мечтал об избрании патриарха. И ревнители старины в Москве вскоре поняли, что в лице столь нежеланного для них чужака они обрели если и не единомышленника, то союзника, к человека неуступчивого, твердого, мужественного. Вместе с ними местоблюститель не одобрял второго брака царя, заключенного при жизни насильственно постриженной царицы Евдокии Лопухиной. С негодованием узнал он об отмене постов в войсках, на что царь, в обход предстоятеля Русской Церкви, заручился разрешительной грамотой от Константинопольского патриарха. В своих проповедях митрополит Стефан стал открыто обличать не хранящих постов, обижающих Церковь и оставляющих своих жен, прозрачно намекая на личность самого царя.