Все недовольные царем-реформатором с надеждой смотрели на царевича Алексея, который сочувствовал настроениям ревнителей старины. С большой теплотой относился к царевичу и митрополит Стефан. В слове, произнесенном в 1712 году на день ангела наследника, он не без вызова его отцу назвал именинника «единой надеждой России». Недвусмысленно намекая на царя, проповедник продолжал: «Море свирепое, море - человече законопреступный, - почто ломаеши, сокрушаеши и разоряеши берега? Берег есть закон Божий, берег есть - во еже не прелюбы сотворити, не вожделети жены ближнего, не оставляти жены своея; берег есть во еже хранити благочестие, посты, а наипаче четыредесятницу». А через шесть лет открылось два страшных дела: в заговоре против царя обвинялись вначале царевич, а потом и его мать Евдокия. К этим делам оказались причастными и духовные лица. Духовник царевича протопоп Иаков Игнатов, когда Алексей каялся ему в желании смерти отцу, успокоил исповедника словами: «Мы все желаем ему смерти». К делу были привлечены духовник царицы Феодор Пустынный, Ростовский епископ Досифей, юродивый Михаил Босой, а также митрополиты: Киевский - Иосаф (Кроковский) и Крутицкий - Игнатий (Смола), которые состояли в переписке с наследником. На следствии епископ Досифей говорил, оправдываясь: «Только я один попался… Посмотрите, и у всех что на уме. Извольте пустить уши и в народ, что в народе говорят».

Розыск закончился казнями. Сенат приговорил к смерти царевича Алексея, казнили епископа Досифея, протопопов Иакова Игнатова и Феодора Пустынного. Митрополит Иоасаф скоропостижно скончался до окончания расследования на пути из Киева. Митрополита Игнатия пощадили по старости и уволили на покой. Против местоблюстителя улик не оказалось. Но Петр подозревал его в сочувствии заговорщикам. В конце розыска у Петра окончательно созрел план: во-первых, провести церковную реформу и упразднить патриаршество, а во-вторых, отодвинуть митрополита Стефана от кормила церковного управления.