В продолжение монгольского периода эта зависимость отчасти уменьшилась в том отношении, что патриарх позволял самим русским избирать себе митрополитов из числа своих соотечественников, удерживая, однако ж, за собою право поставлять их или утверждать в митрополитском сане, а также право надзора и суда над ними. Теперь, наконец, и эта последняя доля зависимости прекратилась: Русская (точнее - Восточнорусская) Церковь начала сама избирать, поставлять и судить своих митрополитов Собором своих архипастырей без всяких сношений с патриархом, и если патриарх по праву (de jure) продолжал еще считать ее одною из своих митрополий, то на деле (de facto) она являлась уже самостоятельною и независимою. Вместе с тем естественно изменились и отношения русского государя к отечественной Церкви. Прежде великий князь России должен был каждый раз по смерти своего митрополита обращаться к Константинопольскому патриарху и императору и просить их о назначении в Россию нового первосвятителя или об утверждении избранного в России. И не раз случалось, что эта просьба не была уважена: к нам присылали митрополитом не того, кого у нас желали и о ком ходатайствовали. Великий князь иногда решался не принимать неугодного ему митрополита или удалял его от кафедры чрез несколько времени по каким-либо причинам. Но вскоре сознавал потребность уступить и сам приглашал того, кого прежде отверг, или находился вынужденным слать послов в Константинополь, писать объяснения и оправдания, просить, чтобы нарядили суд над митрополитом, а в Россию дали другого первосвятителя. Лицо Русского митрополита и его дела, его управление Русскою Церковию были как бы неприкосновенны для русского великого князя (не говорим о немногих известных исключениях) или, по крайней мере, были постоянно ограждены властию Цареградского патриарха и греческого императора, особенно когда этот митрополит был грек и, следовательно, не русский подданный.