Иона, не подозревая злых намерений Шемяки, исполнил его волю, привез детей в Москву и потом отвез к отцу в Углич. Тогда Шемяка повелел Ионе жить на митрополичьем дворе и Иона повиновался. Но скоро обстоятельства изменились. Василий Васильевич снова занял великокняжеский престол, и против Шемяки, бежавшего из Москвы и продолжавшего смуты, Собор русских владык и прочего духовенства издал (29 декабря 1447 г.) известное обличительное послание. В числе этих владык стоит и имя Ионы, только не митрополита, а владыки Рязанского, и не на первом, а на третьем месте, после владык Ростовского и Суздальского. Уже не прежде как в 1448 г. святой Иона достиг наконец митрополитского сана, к которому был избран семнадцать лет тому назад по смерти Фотия.

Исидор, осужденный в России за измену православию, удалился в Рим и хотя продолжал титуловать себя Русским митрополитом, но не был признаваем Русскою Церковию. Великий князь Василий Васильевич многократно пытался послать своих послов в Константинополь известить царя и патриарха об измене Исидора и просить их о поставлении для России нового митрополита, но не находил возможности. Ему постоянно препятствовали домашняя кровавая борьба, которую он вел с князем Димитрием Шемякою, грабежи и разбои, совершавшиеся на пути из России в Константинополь, а особенно то, что в самом Константинополе не к кому было обратиться: и царь и патриарх держались Флорентийской унии. От них нельзя было ожидать ни осуждения Исидору, ни назначения на место его нового православного митрополита. Напротив, второй после Митрофана (4 мая 1440 г. - 1 августа 1443 г.) латинствовавший патриарх Григорий Мамма (7 июля 1446 г. - август 1451 г.) принимал у себя Исидора и рукоположил вместе с ним в Константинополе епископа Даниила на епархию Владимиро-Волынскую, а когда киевский князь Александр Владимирович, зять великого князя Василия Васильевича московского, спросил его, патриарха, чрез своего слугу о Флорентийской унии, то написал к этому князю, восхваляя унию, чтобы он принял "кира Исидора, митрополита и кардинала", имел к нему послушание и не принимал к себе никакого епископа или инока, которые учат несогласно с Флорентийскою униею.