Прошел еще год, и новых вестей об этом деле совсем не приходило в Москву. Да и не могло прийти, потому что в Царьграде произошла перемена патриархов. Султан низверг патриарха Феолипта и на место его возвел в третий раз Иеремию II, находившегося в заточении. А Иеремии, когда он возвратился на свою кафедру, было не до того, чтобы рассуждать о Русском патриаршестве. Он увидел, что все патриаршее достояние разграблено, кельи обвалились и самая патриаршая церковь Богородицы Паммакаристы, т. е. Всеблаженной, ограблена и обращена в мечеть. Ему велено было строить себе новую церковь и кельи в другом месте Царьграда, а средств не было никаких. И Иеремия поневоле должен был обратиться за милостынею к православным и решился предпринять путешествие в Россию. Это-то обстоятельство и послужило к тому, что дело о патриархе в Москве, которое могло затянуться в Царьграде на многие годы, если не навсегда, быстро подвинулось к своему исходу.

К концу июня 1588 г. царь Федор Иванович внезапно получил известие из Смоленска от воевод, что туда приехал 24 июня Цареградский патриарх Иеремия II, и вместе грамоту от самого патриарха, которою он испрашивал позволения прибыть в Москву, где еще вовсе не знали о происшедшей в Царь-граде перемене патриархов. Федор Иванович немедленно отправил почетного пристава Семена Пушечникова навстречу патриарху с ответною грамотою, которою приглашал его пожаловать в свою столицу, и с указом к воеводам, чтобы они с честию отпустили святейшего и пришедших с ним к Москве и дали им все необходимое в дороге и детей боярских из смолян для провожания, а Смоленскому епископу Сильвестру писал: "Если патриарх станет проситься у воевод в церковь Пречистой Богородицы помолиться, то мы ему в церковь идти позволили, и у тебя в церкви было бы тогда устроено чинно и людно, архимандритов, игуменов и попов было бы много, встречал бы ты патриарха и чтил его честно, точно так же, как митрополита нашего чтите".