Время русского патриаршества (1589–1700) не составляет, собственно говоря, отдельного периода в истории Русской Церкви: его отличие от предшествовавшего времени, когда Русская Церковь находилась под управлением митрополитов, носит чисто формальный характер
Одним из основных недостатков церковной жизни досинодального периода была необразованность приходского духовенства, обучение которого слишком мало занимало церковную иерархию, начиная от патриарха и кончая епархиальными архиереями. Не хватало школ с общеобразовательной и специальной церковной программами. В этом отразилось отношение Московской Руси к делу образования вообще. Светское образование внушало опасения, так как могло стать источником ересей, недооценивалась и роль богословской выучки. В силу литургического характера русского православия в нем подчеркивались культовая сторона и обряд, отодвигавшие на задний план роль разума в восприятии догматов. Учреждение школ началось в середине XVII столетия, но шло весьма вяло, и лишь к концу века в нем стали принимать участие церковные власти
Другим негативным явлением, унаследованным от прошлого, был раскол старообрядчества, внешним поводом которого послужил опять–таки литургический характер древнерусского православия. Раскол был глубокой болезненной раной на теле Русской Церкви, так и не зажившей в течение всего синодального периода и сильно ослаблявшей духовную силу Церкви. Борьбу с расколом Церковь поставила во главу всей своей миссионерской деятельности, растрачивая почти бесплодно свои силы и упуская тем самым из виду другие важные задачи пастырского служения.