В "Иудейских древностях" содержится много ценного, порой уникального, исторического материала. Это относится, например, к истории эллинистических государств, Парфии, Армении, Набатейского царства. Римской державы, к истории покорения Римом государств Передней Азии. Не случайно в средневековье и в новое время эта книга Иосифа Флавия считалась одним из важнейших источников по древнеримской истории, наряду с сочинениями Тита Ливия, Тацита, Светония, а один из наиболее эрудированных христианских авторов IV-V веков Иероним назвал Иосифа Флавия "Титом Ливием греков".

Однако для христиан, пожалуй, наиболее важным в труде Иосифа Флавия было первое нехристианское свидетельство об Иисусе Христе, помещенное в 18-й книге "Иудейских древностей". Вот оно: "Около этого времени жил Иисус, человек мудрый, если Его вообще можно назвать человеком. Он совершил изумительные деяния и стал наставником тех людей, которые охотно воспринимали истину. Он привлек к себе многих иудеев и эллинов. То был Христос. По настоянию наших влиятельных лиц Пилат приговорил Его к кресту. Но те, кто раньше любили Его, не прекращали этого и теперь. На третий день Он вновь явился им живой, как возвестили о Нем и о многих других Его чудесах боговдохновенные пророки. Поныне еще существуют так называемые христиане, именующие себя таким образом по Его имени".

Это место позднее вызвало бурные споры относительно своей подлинности. Многие исследователи (как атеисты, так и теологи) считали, что не мог фарисей Иосиф принимать Иисуса за Христа (мессию) и верить в его воскресение. При этом приводили утверждение видного христианского автора III века Оригена о том, что Иосиф, мол, не считал Иисуса Христом.