В 1453 г. Константинополь пал под ударами турок, и Византийская империя прекратила свое существование. Начался четвертый период истории Константинопольской Церкви, который завершился образованием независимого греческого государства в 1821 г. и объявлением Элладской Церковью независимости.

С падением Константинополя и постепенным исчезновением Восточной Римской империи роль Константинопольской Церкви среди ее паствы значительно возросла. Турецкие султаны сохранили управление Церковью и ее учение в неизменности. Патриарх получил от властей особую грамоту — милет, согласно которой он объявлялся главой христианского населения империи, т. е. получал политическую власть, которой не имел в Византии. Константинопольский Патриарх разделил с султаном политическое лидерство среди православного населения Турецкой империи. Статус Константинопольских Патриархов претерпел изменения согласно парадигме, характерной для исламского мира, в котором различие между политической и религиозной властью едва выражено и эти две власти, как правило, совмещаются в одном лице. Турецкий султан как мусульманин не мог стать религиозным главой православных, но также не мог стать их полноценным политическим лидером, так как исламская традиция не позволяла ему быть лишь политическим лидером. Компромисс в этой ситуации был найден в том, что Константинопольский Патриарх как традиционный духовный глава православного народа получил также политическую власть над ним. Тем не менее, Патриарх не мог стать полноценным политическим главой православных и должен был подчиняться султану. Поэтому он скорее был посредником и проводником воли султана, но также нес ответственность за нестроения, если такие возникали среди подчиненного ему народа.