Однако автокефалия как самостоятельность внутреннего управления в Церкви имеет естественные ограничения, связанные с общецерковным единством. Автокефалия Церквей ограничена единством вероучения, единством канонического устройства и принципиальным совпадением основных норм литургической жизни. Так, автокефальная Церковь не может изменять догматического учения, так как это влечет за собой разрушение единства веры, наиболее важные вопросы канонической и богослужебной жизни подлежат совместному ведению всех Поместных Церквей.
Таким образом, Поместные Православные Церкви, оставаясь неразрывными частями Единой Вселенской Церкви, в одних сферах своей деятельности ограничены, а в других — самостоятельны, независимы.
Автономной Церковью называется та, которая пользуется самостоятельностью в делах внутреннего самоуправления, но избрание ее предстоятеля и внешние церковные сношения происходят через автокефальную Церковь, к которой она принадлежит. Взаимные отношения Поместных Церквей можно описать словами: «В главном — единство, во второстепенном — свобода, и во всем любовь».
Формирование современной семьи автокефальных Церквей есть длительный исторический процесс, обусловленный как внутрицерковными, так и политическими, национальными и географическими причинами. По мере роста церковной общины античного города Римской Империи, возглавляемой епископом, появилась потребность поручать отдельные городские районы заботам священников, которые совершали здесь богослужения и проповедь с санкции местного епископа.