Его преступление впускает в его сердце росток ненависти, который постоянно будет стремиться к развитию, если вовремя не очистить все нравственное существо виновного внутренним обновлением". Такую обиду Западная Церковь нанесла Восточной фактом отделения: "Западный раскол есть произвольное, ничем не заслуженное отлучение всего Востока, захват монополии Божественного вдохновения — словом, нравственное братоубийство. Таков смысл великой ереси против вселенской Церкви, — ереси, отнимающей у веры ее нравственную основу и по тому самому делающей веру невозможностью". Это нравственное преступление против ближнего было одновременно и нравственным самоубийством: Западная Церковь, по Хомякову, приняла "смерть в свои недра", — выражением чего и является рационализм как разумное свидетельство определенного омертвления духовной жизни. "Таков Божественный закон: испорченность сердца порождает ослепление ума…". Все дальнейшие нововведения — новые догматы, разделение веры и дел в вопросе об оправдании, опущение таинств в Протестантизме и т. д., — все то, что разделяет Восточную и Западную Церкви и что оправдывается для последней рационализмом, было лишь следствием фундаментального повреждения нравственной жизни. Та же причина породила, по Хомякову, рост скептицизма и возникновение секулярной философии.

Говоря о познании, А.С. Хомяков исходит из внутреннего опыта Церкви. Как справедливо подчеркивал прот. Георгий Флоровский, Хомяков не столько конструирует и доказывает, сколько "как очевидец… описывает реальность Церкви, как она открывается изнутри, через опыт жизни в ней". В этом смысле позиция Хомякова сближается Флоровским с позицией немецкого католического теолога и историка Йоганна Мелера (J.A. Moеhler, 1796 — 1838), который также в условиях философско-богословских блужданий первой четверти XIX в. пытался настойчиво напомнить о фундаментальном для христианства факте Церкви не только в организационном, но и в гносеологическом смысле.