Остается сказать еще о личной святости отца Иоанна. Он по настроению и жизни был человек праведный, чего достиг путем глубокого внимания к себе, непрестанным очищением своего сердца от всякой скверны плоти и духа. Свидетелями такой внутренней работы батюшки теперь являются для нас его дневники. Записывая ежедневно все переживания души, как благодатные, так и греховные, он за все доброе благодарил Господа, а со злом усиленно боролся и заботился об изглаждении его через самоукорение, молитву и тайное покаяние. В последнем отец Иоанн приобрел необыкновенную удобоподвижность: всякое недоброе чувство, всякий дурной помысел непременно сопровождался у него сокрушением и взыванием ко Господу о прощении и помиловании. И за такое вольное и постоянное исповедание Спаситель обвеселял сердце великого пастыря, исполнял его миром, утешением, или, как выражался сам батюшка, "пространством", вследствие чего господствующим состоянием отца Иоанна была бодрость духа и постоянная свежесть физических сил. Узнав на опыте, какое великое значение имеет тайное покаяние в деле нравственного созидания, он и другим, ревнующим о благочестии, советовал прибегать к тому же.
Да, удивительная внимательность была у отца Иоанна к своему внутреннему состоянию: всему он придавал значение, все старался осмыслить и оценить с духовной стороны. Читал ли правило, — глубоко вникал в каждое слово, оттого-то и в указаниях его мы встречаем много пометок, вроде следующих: подчеркнуто выражение "окаянную мою душу соблюди", а на полях написано: "Действительно, как я окаянен".