Но спорный канон в равной степени стал вызовом и для Александрии, до сих пор занимавшей на Востоке первое место. Последующие семь лет свидетельствуют об остром конфликте между Константинополем и Александрией, в котором победа порой переходила на сторону последней. Первым крупным успехом александрийцев стал «собор под дубом», где Феофил Александрийский добился низложения и ссылки Константинопольского епископа св. Иоанна Златоуста (334Р–407). Будучи красноречивым и пламенным оратором — его проповеди продолжались по часу и более! — Иоанн в популярной форме излагал богословские идеи Афанасия и каппадокийцев. Человек строгой и суровой жизни, он воодушевлялся горячим сочувствием к беднякам и страстным стремлением к социальной справедливости. Из всех отцов он, пожалуй, наиболее любим и наиболее читаем среди православных.

Второй крупный успех александрийцев связан с именем племянника и последователя Феофила, св. Кирилла Александрийского (+ 444). Кирилл был инициатором низложения другого Константинопольского епископа, Нестория, и созыва Третьего вселенского собора в Эфесе (431). Но в Эфесе на карту было поставлено нечто большее, чем соперничество двух престолов. На соборе вновь остро встали вероучительные вопросы, горячо актуальные с 381 г.; только теперь в центре внимания оказалась не Троица, а личность Христа. Кирилл и Несторий соглашались в том, что Христос есть вполне Бог, один из Троицы; но они расходились в способе описания Его человечества и в истолковании соединения божественной и человеческой природ в одном лице. Фактически Кирилл и Несторий представляли две разные богословские школы, или традиции. Несторий, воспитанный в духе Антиохийской школы, признавал целостность человечества Христа, но так резко подчеркивал различие между человеческой и божественной природами во Христе, что рисковал прийти к утверждению о двух лицах, сосуществующих в одном теле. Кирилл как выразитель противоположной александрийской традиции отправлялся скорее от единства личности Христа, чем от различия в Нем человеческой и божественной природ, и говорил о человечестве Христа менее экспрессивно, чем антиохийцы.