Собор также изъял Иерусалим из юрисдикции Кесарии, предоставив ему пятое место среди главных христианских престолов. Отныне была установлена система, известная среди православных под именем пентархии. Согласно ей, пять крупнейших церковных кафедр пользовались в церкви особым почитанием, причем в отношении них был принят определенный порядок старшинства: Рим, Константинополь, Александрия, Антиохия, Иерусалим. Все пять, как считалось, были основаны апостолами. Первые четыре престола находились в крупнейших городах Римской империи, пятый был причислен к ним потому, что в Иерусалиме Христос принял крестную смерть и воскрес. Епископ каждого из названных городов получил титул патриарха. Пять патриархатов разделили между собой юрисдикцию над всем известным тогда миром, за исключением Кипра: остров получил независимость по решению Эфесского собора и с тех пор сохранял самоуправление.

Говоря о православной концепции пентархии, нужно избегать двух возможных недоразумений. Во–первых, система патриархов и митрополитов принадлежит к сфере церковной организации. Но если взглянуть на церковь не с позиций церковного порядка, а с точки зрения божественного права, то всех епископов надлежит признать равными, независимо от величия или малости вверенного их управлению города. Все епископы равно суть наследники апостолов, все обладают равной сакраментальной и вероучительной властью. При обсуждении доктринальных вопросов недостаточно, чтобы патриарх высказал свое мнение: всякий епархиальный архиерей имеет право присутствовать на общем соборе, брать слово и голосовать. Система пентархии отнюдь не подрывает существенное равенство епископов и не лишает местные общины того значения, какое приписывает им Игнатий.

Во–вторых, православные верят, что среди пяти патриархов папа занимает особое место. Православная церковь не признает доктрины папской власти, развитой в документах Ватиканского собора 1870 г.; но в то же время православные не отрицают за святым и апостольским престолом Рима первенства чести, а также (с определенными оговорками) права принимать апелляции от всех частей христианского мира.