Эфес и Халкидон стали твердыней православия — но и камнем преткновения. Ариане постепенно примирились с церковью и более не угрожали расколом. Но до сего дня христиане, принадлежащие к Церкви Востока (и часто неверно именуемые несторианами), не признают решений Эфесского собора и полагают неправильным именовать Деву Марию " Theotokos»; а нехалкидониты до сего дня следуют монофизитскому учению Диоскора, отвергая Халкидонское определение и томос папы Льва. Церковь Востока почти целиком пребывала вне пределев Византийской империи, и о ней в византийской истории мало слышно. А вот значительное число нехалкидонитов, особенно в Египте и Сирии, были подданными императора. Неоднократные попытки вернуть их к общению с Византийской церковью успеха не имели. Как это часто бывает, богословские расхождения усугубились культурной и национальной напряженностью. Египет и Сирия, где преобладало негреческое по языку и этническим корням население, тяготилось властью греческого Константинополя как в религиозных, так и в культурных вопросах. Так церковный раскол был углублен политическим сепаратизмом. Если бы не эти вне–богословские факторы, обе стороны, быть может, и достигли бы богословского взаимопонимания после Халкидона. Многие современные исследователи склоняются к мысли, что расхождения между «халкидонитами» и «нехалкидонитами» в основном имеют терминологический, а не богословский характер. По–разному понимая термин «природа» (physis), обе стороны стремятся выразить одну и ту же основополагающую истину: Христос Спаситель — полностью Бог и полностью Человек, и тем не менее Он есть одна личность, а не две.

Халкидонское определение дополнили два позднейших собора, оба состоявшиеся в Константинополе. Пятый вселенский собор (553) перетолковал решения Халкидона в александрийском духе и попытался в более конструктивных терминах показать, как именно две природы Христа соединяются в одно лицо.