После того как 23 апреля 1586 г. скончался наиболее влиятельный в правительстве и популярный в народе земский боярин Никита Романович Юрьев, смертельная схватка между Годуновыми и Шуйскими стала неизбежной. Нанося удар по царице Ирине Федоровне, бояре, митрополит и их союзники были готовы на все, чтобы одновременно уничтожить царского шурина и его родственников. Борис Годунов понимал, что его противники не остановятся на изгнании из дворца Ирины. В жизни зятя Малюты Скуратова женщины играли слишком большую роль, чтобы он мог недооценить их поддержку и поступиться сестрой.

Дворцовые покои сохранили в тайне обстоятельства того, как Годунов с сестрой и сторонниками отражали натиск Шуйских и Дионисия с их духовными и светскими союзниками на царя Федора Иоанновича. Известно, что острый конфликт возник в начале мая. Но уже около 14 мая борьба выплеснулась на московские улицы. Горожане во главе с богатейшими купцами — гостями — буквально осадили Кремль, требуя развода государя с женой. Исход этого народного возмущения хорошо известен.

Бояре, возможно не без участия митрополита Дионисия, неожиданно помирились. Герой псковской обороны Иван Петрович Шуйский сам вышел в Грановитую палату, где ожидали ответа на свое челобитье «торговые многие люди», объявил об отсутствии гнева на Годунова и предложил народу разойтись. Тогда, по словам «Нового летописца», двое из купцов с горечью заявили: «Помирилися вы есте нашими головами, а вам, князь Иван Петрович, от Бориса пропасть, да и нам погинуть».

Скоро исполнилось это мрачное пророчество. Уже ночью купцы были схвачены. После страшных пыток семеро гостей были казнены в Москве «на Пожаре», многие горожане отправлены в тюрьмы и ссылки. Опричного опыта у Годунова и его подручных хватало! В довершение драматического эффекта позже — но далеко не сразу — «пропали» Иван Петрович Шуйский и его сторонники «в верхах». Но эффектность этой исторической сцены, замечательно использованная А. К. Толстым, не мешает нам поинтересоваться причинами столь странного развития событий.