Борис Годунов не ошибся, предпочтя действовать на православном Востоке через патриарха Иоакима, с которым установил взаимовыгодные отношения, а не через Посольский приказ. К тому же следовало учитывать, что широко объявленное в ходе борьбы с митрополитом Дионисием желание учредить в Москве патриаршество не могло быть реализовано прежде, чем удастся избавиться от самого Дионисия. Слишком скорый положительный ответ с Востока мог бы поставить Бориса и Ирину Федоровну в весьма щекотливое положение.
Иоаким, по–видимому, точно выполнил инструкции Годунова. Ровно через год изумленный Щелкалов услышал на допросе в Посольском приказе буквально следующие слова прибывшего из–за границы через Чернигов грека Николая:
«Отпустили его из Царяграда патриархи Цареградский и Антиохийский, а с ним послали к государю граматы об нем, бить челом государю о милостыне. Да наказали с ним словом патриархи Цареградский и Антиохийский: что приказывал им государь, чтоб патриарха учинить на Руси — и они, Цареградский и Антиохийский патриархи, соборовав, послали по Иерусалимскаго и по Александрийскаго патриархов, и велели им быть в Царьград, и о том деле соборовать хотят, что государь приказывал, и с собора хотят послать (в Москву. — А. Б.) патриарха Иерусалимскаго и с ним о том наказав, как соборовать и учинить патриарха».
К этому времени А. Я. Щелкалов был уже не опасен Борису Годунову, одержавшему решительную победу в борьбе за власть. Осенью 1586 г. были сведены со своих престолов митрополит Дионисий и епископ Варлаам; их сторонники среди духовенства также не избежали опалы. Московским митрополитом стал Иона, которого вскоре (в последних числах года) сменил близкий к Годунову Иов.
Опалы на бояр начались с Ф. В. Шереметева, владения которого были конфискованы. Не случайно приехавшего в Москву Иоакима поместили в бывшем доме Шереметева, определенно показывая, чьей козырной картой был Антиохийский патриарх! Один за другим были обвинены и сосланы Шуйские. Годунов не спешил с окончательным расчетом, но, казалось, помнил предсказание казненного им купца. 16 ноября 1588 г. Иван Петрович Шуйский был в ссылке задушен дымом; в 1589 г. был убит боярин и воевода Андрей Иванович Шуйский.