Сразу по приезде Иеремия со спутниками был плотно изолирован. Никому не дозволялось ни приходить на рязанское подворье, ни выходить из него без специального разрешения — ни русским, ни иноземцам, включая живших в Москве православных с Востока. «И когда даже монахи патриаршие ходили на базар, — пишет митрополит Иерофей Монемвасийский, — то их сопровождали царские люди и стерегли их, пока те не возвращались домой». Приезжие были окружены доверенными людьми Годунова; охранявших подворье детей боярских правитель приказал подобрать «покрепчае».
Через неделю после прибытия патриарха в столицу ему была дана краткая аудиенция у государя, причем Федор Иоаннович на этот раз переступил навстречу приезжему всего на полсажени. Сразу за обменом дарами посольский дьяк А. Я. Щелкалов объявил, что по просьбе патриарха государь дозволяет ему переговорить с Борисом Федоровичем Годуновым.
Московский правитель бесцеремонно выдворил из Малой ответной палаты всех спутников Иеремии и прямо спросил патриарха: зачем он приехал в Москву, кто, собственно, ведает Константинопольской патриархией, где старый патриарх Феолипт и что сам Иеремия хочет сообщить государю. При разговоре присутствовали Щелкалов, дьяк Дружина Петелин и подьячий, который вел запись.
Очень скоро выяснилось, что Иеремии и в голову не приходило заботиться об учреждении патриаршего престола в Москве. Он много рассказывал о себе, как управлял Константинопольской патриархией и был оклеветан перед султаном, как Феолипт подкупил турецких пашей, обещая давать султану на две тысячи золотых в год больше. В результате султан велел быть патриархом Феолипту, а Иеремию сослал на Родос.
Однако честолюбивый Феолипт переоценил возможности пополнения патриаршей казны. На пятый год патриаршества Феолипт был отставлен султаном, турки разграбили патриарший двор, а из церкви сделали мечеть. Иеремия был возвращен из ссылки и получил распоряжение султана строить патриарший двор и церковь в другом месте Константинополя. Денег не было — и патриарх с разрешения султана отправился за подаянием.