И чин поставления патриаршескаго у него, Иеремии, взять бы, чтобы впредь поставляться патриархам в Российском царстве от митрополитов, архиепископов и епископов. А митрополиты бы, и архиепископы, и епископы поставлялись от патриарха в Российском царстве — а для того бы учинить митрополитов и прибавить архиепископов и епископов, в каких городах пригоже».

Для приличия русские источники указывают, что Годунов «многажды» уговаривал Иеремию патриаршествовать во Владимире — но конечно же не уговорил. 13 января 1589 г. Годунов со Щелкаловым навестили Иеремию на подворье и объявили, что по воле царя хотят «посоветоваться» о поставлении русского патриарха. Как выглядел этот «совет» — пишет Иерофей Монемвасийский: «Тогда говорят ему: решение царя то, чтобы ты поставил патриарха. И Иеремия говорил другое, что он не уполномочен епископами и что это было бы беззаконно. Но, наконец, и не хотя, рукоположил России патриарха».

Неизвестно, какие «аргументы» привели бывшие подручные Ивана Грозного, чтобы сломить битого жизнью старенького грека. Иеремия полностью находился в их руках и вынужден был исполнять, что прикажут, тем более что своим согласием занять Московский престол признал, что Россия достойна иметь патриарха. Он был не подготовлен к рукоположению патриарха и по требованию Щелкалова смог представить только кратенький конспект этого действа. Но дьяк не растерялся и нашел подробности церемонии в «чине» поставления русского митрополита; внеся туда небольшие изменения, он вскоре составил для исполнителей и участников торжественного акта детальный «чин и устав» (сценарий и правила).

Добившись своего, Годунов желал, чтобы все было организовано самым благопристойным образом. 17 января состоялось заседание царя Федора Иоанновича с освященным собором, на котором высшее духовенство во главе с Иовом формально одобрило замысел государя и «положилось на его волю». 19 января царь, митрополит и весь освященный собор приговорили направить делегацию церковных иерархов к патриарху Иеремии для совета о предстоящих церемониях.