В отношении модернизма Пий X всегда проявлял определённо отрицательные убеждения, он был "нетолерантен", неумолим, недоступен для компромиссов и неуместно иронических толкований. Иные усматривали в этом какую-то жестокость, отсутствие евангельской любви. Но папа следовал принципу св. Августина: "Ненавидьте заблуждение, любите заблуждающихся". Для самих модернистов, как людей Несчастных, гибнущих, которых нужно спасти, Пий X имел "непревзойдённую любовь", милосердие, готовность всё простить при первом проявлении искреннего покаяния; это засвидетельствовано всеми близко знавшими его людьми. Прежде чем осудить какого-либо лжеучителя, папа старался отеческой лаской направить его на правильный путь.
Священник Р. Мурри, один из главарей модернизма в Италии, не раз грубо оскорблял в печати кардинала Сарто, будущего Пия X; но папа отвечал ему лишь проявлениями доброты, оказывая ему, например, анонимную материальную помощь, и притом даже после того, как Мурри открыто порвал с христианством. Мурри умер в глубокой старости в 1944 году, сердечно раскаявшись и примирившись с Церковью: воспоминание о беспредельной кротости великого архипастыря преодолело в нём наконец его врождённую гордость.
Епископам Пий X давал совет "желать добра" всем модернистам и "делать им доброе". Епископу Шалонскому, к епархии которого принадлежал главный вождь всего модернизма, Луази, Пий X дал следующую директиву: "Относитесь к нему (Луази) с величайшей любовью, и если он подойдет к вам на один шаг, сделайте два шага ему навстречу". По непоколебимому убеждению святого папы, только чистая христианская любовь может вполне рассеять мрак заблуждений.