Члены Государственного Комитета Обороны были всецело поглощены делами на фронте. Молотов совершил длительный вояж за океан для укрепления сотрудничества с союзниками. Кроме загруженности по линии Наркомата иностранных дел, много времени и сил у него отнимала работа по организации танкового производства. Лаврентия Берию Сталин назначил членом Военного совета Северо-Кавказского фронта.

В это время многие ученые находились вместе с Ленинградским физико-техническим институтом в эвакуации в Казани. Обсуждение на семинаре физтеха доклада молодого физика Г. Н. Флерова, который он посвятил осуществлению на практике ядерной цепной реакции, разделило аудиторию на две части.

Старшее поколение физиков во главе с А. Ф. Иоффе по-прежнему считало создание атомного оружия делом отдаленного будущего. Они подчеркивали, что даже незначительное отвлечение сил и средств науки от помощи фронту нерационально и даже непатриотично. Молодые исследователи И. В. Курчатов и А. И. Алиханов поддержали Г. Н. Флерова. Как показало время, они оказались правы.

В середине 1942 года Молотов, выполняя решение ГКО, начинает поиск кандидатуры на пост научного руководителя уранового проекта. Он обратился к чекистам, чтобы ему дали список надежных физиков, на которых можно положиться. Однако вызванный на беседу П. Л. Капица от предложения Молотова неожиданно отказался. Ученый повторил уже известные аргументы о нереальности получения бомбы в ближайшие годы. Впоследствии отказ П. Л. Капицы дал повод обвинять его в отсутствии патриотизма. Но сам ученый считал иначе. Он писал Н. Бору о том, что нельзя допустить, чтобы судьбы мира определяли небольшие группы политиков, народы Земли не должны быть заложниками их амбиций и авантюр. Можно предположить, что П. Л. Капица не хотел вооружать непредсказуемого и агрессивно настроенного Сталина атомной бомбой.