Полость рта выстелена слизистой оболочкой, в толще которой располагается большое количество мелких слюнных желез. Слизистая оболочка полости рта покрыта многослойным плоским эпителием, который располагается на соединительнотканной основе. Этот слой без резкой границы переходит в подслизистый слой. В десне, языке, боковых отделах твердого нёба и области нёбного шва подслизистый слой отсутствует. Кровоснабжение, лимфоотток и иннервация стенок ротовой полости тесно связана с сосудистой и нервной системами челюстей. В полость рта открываются протоки слюнных желез. Поскольку полость рта является начальным отделом пищеварительного тракта, и в ней пища подвергается механической и частично химической обработке, то в слизистой оболочке заложен ряд рецепторов, благодаря которым определяются вкус, тактильная и болевая чувствительность. Болевая и температурная чувствительность слизистой оболочки полости рта несколько ниже по сравнению с кожей и неодинакова в различных участках (попробуйте тот горячий чай, который вы пьете, то есть довольно спокойно вливаете в рот, плеснуть себе на ноги – и вы поймете, о какой разнице идет речь…).
Во рту содержится разнообразная микробная флора: кроме постоянных, так называемых адаптированных, микробов, здесь длительное время могут присутствовать микроорганизмы, приносимые извне. В связи с этим различают постоянную и случайную микрофлору полости рта, причем постоянная микрофлора служит биологическим барьером для микробов, попадающих в ротовую полость извне.