Налоговый контроль проводится должностными лицами налоговых органов в пределах своей компетенции посредством налоговых проверок, получения объяснений налогоплательщиков, налоговых агентов и плательщиков сбора, проверки данных учета и отчетности, осмотра помещений и территорий, используемых для извлечения дохода (прибыли), а также в других формах, предусмотренных настоящим кодексом.

В научной литературе принято классифицировать налоговый контроль на предшествующий, текущий и последующий. К предшествующему контролю отнесены профилактические мероприятия по разъяснению налогового законодательства с целью его правильного практического применения. К такого рода контрольным мероприятиям стоит отнести предоставление и использование письменных разъяснений по вопросам налогового законодательства. Текущий контроль представляет собой мероприятия, проводимые в процессе исполнения законодательства о налогах и сборах с целью предотвращения налогового правонарушения. К таким контрольным мероприятиям можно отнести камеральные проверки. Последующий контроль направлен на выявление налоговых правонарушений и применение ответственности за их совершение. Очевидно, что в данном случае речь идет о выездных проверках.

Одной из важнейших проблем системы налогового администрирования является проблема направленности налоговых органов на собираемость налогов. В иностранных государствах для осуществления налогового контроля создаются специализированные налоговые управления (отделы, дирекции и др.). В одних случаях эти ведомства обособлены от Министерства финансов (Япония, Швеция), в других – являются его структурными подразделениями (Италия, США, Великобритания). Подобные управления нацелены на постоянный и эффективный контроль за взиманием платежей в бюджет и не связаны с осуществлением неналоговых обязанностей, таких как планирование и выполнение функций фискальных агентов, отвечающих за доходы государства.