Рост его 5 футов 3 дюйма (около 160 см), весил он примерно 125–130 фунтов (56–58 кг); сложения чуть не по-женски хрупкого; с пальцами пианиста (как утверждает, одна хорошо его знавшая хозяйка ресторана). Правда, в отличие от пианиста он имел лишь восемь пальцев. Общеизвестно, что во время Цусимского сражения в результате прямого попадания русского снаряда в корабль «Ниссин», на котором Ямамото служил кадетом, ему оторвало у самого основания средний и указательный пальцы левой руки. Сам Ямамото вспоминал:

Отсюда можно предположить, что он сам верил в это многие годы. Но кажется, истина состоит в том, что разорвало одну из собственных пушек «Ниссина», — это случается, когда ослабленная сталь ствола — после перегрева из-за непрерывной стрельбы на нее обрушиваются холодные волны — уже не способна сдерживать газы при выстреле. Вражеский ли снаряд тому причиной или несчастный случай на борту собственного корабля, только Ямамото знали в квартале гейш Симбаси как Восемьдесят Сен — такое он получил прозвище (обычная плата за маникюр гейши, всех десяти пальцев, — одна иена). Помимо потерянных пальцев, на теле его остались от того инцидента и другие примечательные шрамы…

Для Ямамото его физические данные не играли роли. На упомянутом фото мы видим гладко выбритого интеллигента, без особых внешних отличий. Ничего от облика жестокого военного лидера, — однако отсюда ни в коей мере не следует, что он не соответствовал посту главнокомандующего Объединенного флота.

Кроме того, разглядывание фотографии вызывает разнообразные чувства у тех, кто знает этот период истории. Известный своей прямотой адмирал Инуе Сигейоси, возглавлявший бюро по морским делам в то время, когда Ямамото был заместителем министра, делил адмиралов на первоклассных и второсортных. Из четырех (редкое число), произведенных в это конкретное звание, — Сиозава, Йосида, Ямамото и Симада — только Ямамото достиг первого класса.