Успешно проучившись год в Офицерской школе СС в Бад-Тельце в Баварии, он с отличием окончил ее и, получив первое офицерское звание, был зачислен в штаб Генриха Гиммлера. Вероятно, предполагалось, что представитель старой прусской военной аристократии придаст определенный вес «новомодным СС». Здесь он попал под влияние «Герцога Швабского», обергруппенфюрера СС Готтлоба «Хвала Богу» Бергера — энергичного и неразборчивого в средствах ветерана Первой мировой войны, который был главным советником Гиммлера. Много лет спустя Бергер со своим обычным самомнением писал: «Мой рейхсфюрер доверяет мне и говорит со мной о личных делах, чего он никогда не стал бы делать, если бы чувствовал неудобство в общении со мной»

Бергер был отцом-основателем Ваффен-СС — войск СС, своеобразной личной армии Гиммлера, и именно он внушал молодому фон Доденбургу свое понимание нового типа солдата: сочетание охотника, браконьера и атлета. Саму эту концепцию он украл у известного британского военного специалиста, капитана Бэзила Лидделла Харта, который верил в идею национал-социализма и был готов сражаться и умереть за нее.

По мнению Бергера, генералы традиционного вермахта хотели воевать так же, как они делали это во время прошлой, Первой мировой войны, — то есть используя армию, набранную из числа гражданских людей на основе массовой воинской повинности. Бергер, однако, был сторонником концепции элитной профессиональной армии, отлично обученной и сверхманевренной. Куно фон Доденбург стал горячим поклонником концепции современной войны генерала и, когда немецкие войска вторглись в Польшу в 1939 году, он подал рапорт о его обратном переводе в «Лейбштандарт», надеясь воплотить в жизнь идеи Бергера.

Как и другие молодые восторженные офицеры, в конце концов он сумел этого добиться — однако лишь ценой огромных человеческих жертв. В ходе своего первого сражения при Бзуре (Центральная Польша) фон Доденбург был ранен и награжден Железным крестом первого класса (это было первое из его шести ранений и первая из его многочисленных наград, среди которых был Рыцарский крест с дубовыми листьями, полученный незадолго до окончания войны).