Состояние льдов осенью 1912 года было неблагоприятно для плавания по всей русской части Северного Полярного моря. Войдя 17 сентября в Карское море, «Анна» нашла его почти сплошь заполненным льдами. Лишь с величайшими затруднениями удалось ей продвинуться сначала до Байдарацкой губы, а затем итти вдоль берегов полуострова Ямала дальше на север.

Около половины октября судно оказалось затертым льдом, а в конце октября выяснилось, что освободиться нет никаких надежд. Начались приготовления к зимовке. Судно стояло в 8 милях от берега; команда «Анны» уже проторила туда дорогу; предполагалось на берегу построить баню, начали собирать плавник для отопления судна.

Вскоре выяснилось, что лед, в который вмерзло судно, не стоит неподвижно. После наступления темноты начались жестокие штормы с юго-востока. Во время одного из них лед пришел в движение, и с 28 октября, когда судно находилось под 71º 47' северной широты, началось движение «Святой Анны» на север.

Движение «Анны» продолжалось непрерывно весь 1912 и 1913 годы по направлению к полюсу. В первое время водители «Анны» не придавали дрейфу угрожающего значения, так как по опыту пароходов «Варна» и «Димфна», затертых льдами Карского моря, считалось, что передвижения льдов в этом море, происходящие под влиянием ветров и поверхностных течений, имеют исключительно местный, относящийся к западной части Карского, моря, характер. Лишь весной 1913 года, когда лед миновал линию, соединяющую северную оконечность Новой Земли с крайней оконечностью Азии — мысом Челюскина, положение стало принимать угрожающий характер. Корабль находился уже за пределами Карского моря в большом полярном бассейне.

Летом 1913 года, когда «Анна» была в широтах северной части пролива, отделяющего Землю Франца-Иосифа от Новой Земли, направление дрейфа ненадолго менялось на западное.