Хейердал уже тогда высказывает предположение, что теперешнее полинезийское население пришло в центр Тихого океана из Юго-Восточной Азии с течением Куро-Сио через северо-западную Америку и Гаваи. В 1939 и 1940 годах Хейердал продолжает работать над этой проблемой в музеях и библиотеках Европы, США и Канады.
В 1940 году Норвегия была оккупирована немецко-фашистскими войсками. Хейердал в это время собирал этнографические и антропологические материалы среди индейцев Британской Колумбии (Западная Канада). Перед тем как вступить в 1941 году добровольцем в расположенные в Канаде норвежские военно-воздушные силы сопротивления, Хейердал публикует первую научную статью „Произошла ли полинезийская культура из Америки?“ В ней он изложил свою гипотезу о том, что Полинезия была достигнута двумя последовательными волнами иммигрантов, причем первая волна прибыла около 500 года н. э. на бальсовых плотах из Южной Америки, а вторая более чем 500 лет спустя через Британскую Колумбию из Азии.
После окончания войны Хейердал возобновил свои исследования. Сначала он работал в Норвегии, затем в США. Его новую рукопись „Америка и Полинезия“, где он защищал свою теорию первичного заселения Полинезии из Южной Америки, специалисты даже не желали читать. В то время существовала лишь одна теория заселения Полинезии, утверждающая, что первые пришельцы прибыли на острова с запада, из Азии, непосредственно через Меланезию и Микронезию.
Одним из важных доводов против взглядов Хейердала был тот факт, что в распоряжении южноамериканских мореходов до заселения материка европейцами были лишь бальсовые плоты, на которых, по мнению экспертов, было немыслимо пересечь громадные просторы Тихого океана.
Чтобы опровергнуть это мнение и доказать возможность заселения Полинезии из Южной Америки, Хейердал в 1947 году организовал и возглавил экспедицию, которая должна была пересечь Тихий океан на бальсовом плоту „Кон-Тики“. Проплыв с пятью товарищами за 101 день из Лимы (Перу) до острова Рароия в архипелаге Туамоту почти 8000 км, он доказал, что плоты южноамериканцев вполне могли доставить человека в Полинезию.