К второстепенным притокам Телецкого озера относятся: в северной его части — река Ойер, в восточной — Камга (около 25 км) с притоками (Малый и Большой Шалтан), Корбу, Кокши с притоками (Кот-Агач, Дырях, Кольдженат, Южуган и Тузахту), Челюш, Баской, Кыга, а также Кокши, в западной — Большая и Малая Чили, Колдор. Большинство восточных притоков озера стекает с Абаканского хребта.

Все реки Восточного Алтая типично горные, с довольно крутым падением ложа и стремительным течением. Характерная особенность их — быстрый подъем воды во время дождя и спад после него.

Как правило, долины в истоках широкие, заболоченные, течение слабое. В среднем течении и низовьях долины узкие, глубоко врезаются в горные массивы, русло завалено валунами, часто реку сжимают отвесные скалы, именуемые на Алтае “щеками”. Течение бурное.

Реки из ущелий нередко обрываются водопадами. Наиболее известные водопады — на восточном берегу Телецкого озера: Корбу — с падением воды 12,5 м, Киште — 8 м, водопад на притоке Камги Большом Шалтане — до 20 м. Водопады до 5—7 м есть почти на каждом притоке озера и притоках Чулышмана.

Много на Восточном Алтае больших и малых, озер. Кроме Телецкого, к числу крупных озер относятся Джулукуль (Написание второй части названия “куль” традиционное. Для алтайских озер правильнее было бы “коль”, что означает “озеро”. “Куль — по алтайски “зола”), Эрикуль, Чейбоккуль (оба в системе Шавлы), Дерикуль в системе Куркуре, Итукуль и Сайгоныш в системе Чульчи, Караколь на юго-восточном склоне хребта Корбу, Буландуколь на западном берегу Телецкого озера, Байгольское и Садринское в системе реки Лебедь.

Схема Телецкого озера

Огромное количество мелких озер, не менее живописных, расположено в широких долинах, цирках, седловинах хребтов и по горным плато.