Следует, однако, заметить, что многие обстоятельства жизни Магальяйнша того периода до конца еще не выяснены. Некоторые биографы полагают, что родился он не в Саброзе, а в Порту или в Понти-да-Барка. Состав семьи и возраст его сестер и братьев также вызывают споры. Вообще следует заметить, что с тех пор, как историк Кейруш Веллозу попытался доказать, что первое завещание Магальяйнша — подделка, сомнительны даже факты, ранее казавшиеся бесспорными. И хотя ученые и по сей день пытаются прояснить многое из детства и отрочества человека, который возглавил первое в мире кругосветное плавание, все же многие обстоятельства ранних лет жизни Магальяйнша так и останутся нам неведомы. Ведь часть архива, хранившегося когда-то в Торри-ди-Томбу в Лиссабоне. в 1525 году по королевскому приказу была уничтожена, кое-что пострадало в период испанского владычества над Португалией. Наконец, лишь небольшая часть документов сохранилась после землетрясения 1 755 года, а также отъезда королевской семьи в Бразилию, когда в начале прошлого столетия армия Наполеона вторглась на Иберийский полуостров. Тем не менее достоверно известно, что Магальяйнш происходил из дворянской семьи и начинал пажом при дворе. А относительно его военной службы в некоторых странах Индийского океана и в Африке бытуют разные суждения. Американец Чарлз Маккью Парр тридцать лет назад, занимаясь изысканиями в Португалии, пришел к выводу, что в тех местах в наемных войсках короля Мануэла служило не менее семи человек по имени Фернан ди Магальяйнш. Таким образом, та или иная трактовка эпизодов из жизни Фернана ди Магальяйнша до его переселения в Испанию, о которых здесь будет рассказано, по прошествии времени может оказаться несостоятельной, несмотря на то что в целом его жизнь по окончании службы при дворе не таит больше для нас загадок.

А пока Фернан молод, находится весьма далеко от арены своих будущих успехов и служит пажом королевы. Помимо искусства верховой езды, фехтования, турниров.