10 июня 1803 года Резанов был награждён орденом Св. Анны I степени, пожалован званием камергера и назначен посланником в Японию. Одновременно он получил рескрипт от Александра I с подробной инструкцией относительно осуществления его дипломатичесщх полномочий в Японии. Целью посольства было получение разрешения от японского императора на торговлю русских судов в японском порту Нагасаки или организации меновой торговли на острове Матсмае (Иезо). В рескрипте, адресованном Резанову, Александр I писал: "Избрав вас на подвиг, пользу отечеству обещающий, как со стороны японской торговли, так и в рассуждении образования американского края, в котором вам вверяется участь тамошних жителей, поручил я канцлеру вручить вам грамоту, от меня японскому императору назначенную, а министру коммерции по обоим предметам снабдить вас надлежащими инструкциями, которые уже утверждены мною". С послом решено было отправить богатые подарки японскому императору и его главным сановникам, а также ряд товаров для начала торговых операций.

По настоянию графа Румянцева, Александр I разрешил отправить русского посла в Японию на тех же кораблях, которые должны были доставить товары в русские североамериканские колонии. С посольством решено было послать научную экспедицию для исследования побережий Тихого океана.

Известную роль в организации этой экспедиции сыграл, повидимому, и проект, принадлежавший капитан-лейтенанту русского флота И. Ф. Крузенштерну. В 1793 году, вместе с другими молодыми русскими офицерами, Крузенштерн был отправлен в Англию для усовершенствования в искусстве навигации и прослужил в британском флоте почти шесть лет.