Лисянский был во многих морских сражениях с французами и в 1796 году, при взятии фрегата «Елизавета», получил контузию в голову. В 1797 году Лисянский вернулся в Россию и 27 марта был произведён в капитан-лейтенанты. Вместе с новым чином, Лисянский получил назначение на фрегат «Автроил», которым он должен был командовать. Через несколько лет, в 1803 году, за свои заслуги перед родиной и участие в 18 морских кампаниях, Лисянский был награждён орденом Георгия 4-го класса.

Проводя большую работу во флоте, Лисянский в то же время не оставался чужд и вопросам теории морского дела. Он перевёл и опубликовал большую работу Клерка "Движение флотов", касающуюся тактики морских операций.

В 1803 году начался совершенно новый период в жизни Лисянского. Он получил распоряжение направиться в Англию для покупки двух судов, предназначенных для кругосветного плавания. Эти суда, «Надежда» и «Нева», Лисянский купил в Лондоне за 22 000 фунтов стерлингов, что составляло почти столько же в золотых рублях по курсу того времени.

Цена за покупку «Надежды» и «Невы» была собственно равна 17 000 фунтов стерлингов, но за исправления их пришлось ещё доплатить 5 000 фунтов. Корабль «Надежда» насчитывал уже три года со дня своего спуска на воду, а «Нева» всего лишь пятнадцать месяцев. «Нева» имела водоизмещение в 350 тонн, а «Надежда» — в 450 тонн.

В Англии Лисянский купил ряд секстантов, пель-компасов, барометров, гигрометр, несколько термометров, один искусственный магнит, хронометры работы Арнольда и Петтинттона и другое. Хронометры были проверены академиком Шубертом. Все остальные инструменты были работы Траутона.

Астрономические и физические инструменты были предназначены для наблюдения долгот и широт и ориентировки корабля. Лисянский позаботился приобрести целую аптеку лекарств и противоцынготных средств, так как в те времена цынга была одним из наиболее опасных заболеваний во время длительных плаваний.