Вскоре Врангелю предложили стать командиром флотского экипажа и строящегося линейного корабля. Для тридцатилетнего моряка это было большое повышение, но добросовестный и прямодушный Врангель, не чувствуя расположения к гарнизонной службе, имел мужество отказаться от этого предложения и просил назначить его лишь командиром фрегата, что и было исполнено. Он получил назначение на строящийся фрегат «Елизавета». Одновременно его утвердили членом Ученого Комитета морского министерства.

Осенью 1828 года фрегат «Елизавета» был закончен постройкой и перешел на постоянную базу в Кронштадт. Здесь Врангель получил назначение командиром сводной морской бригады и председателем военно-следственной комиссии. Все свободное время Врангель посвящал подготовке к печати книги о своем путешествии на берега Ледовитого океана. Он отдыхал за этим трудом.

Зимой 1828 года Врангель подал прошение об отчислении его на пять лет с действительной службы. На этот срок он решил уехать на Аляску, куда его настойчиво приглашали директора Российско-американской компании, на должность главного правителя русских владений. С большим неудовольствием начальство отпускало Врангеля. Его соблазняли перспективой новых высоких назначений, но Врангель настаивал на своем. На Аляску, главным правителем русско-американских владений, Врангель отправился в чине капитана 1-го ранга.

Путешествие в Америку заняло более полугода. Зимовать Врангелю и его молодой жене пришлось в Иркутске. Весной у них родилась дочь. Обстоятельство это значительно усложнило дальнейший путь. До Якутска они плыли по Лене, затем проехали 1200 верст верхом, в Охотске сели на корабль. Нечего и говорить, насколько тяжел был этот путь. Тысячеверстное странствование молодой женщины с грудным ребенком верхом на лошади, ночлеги в ненастную погоду под открытым небом, сильные бури во время морского перехода, занявшего целый месяц, все это потребовало большого напряжения сил и нервов. Только поздней осенью 1829 года Врангель с женой прибыли на новое место своего обитания — в Ситху. Вскоре здесь умерла их дочь.