В 1552 году Франциск Ксаверий умер на пути из Японии и Китая в Малакку. Под тяжким впечатлением кончины своего патрона Мендес Пинто, к тому времени очутившийся в Гоа, вступил в качестве «мирского брата» в иезуитский орден. Купец и пират превратился в подвижника. Он сбросил богатые одежды (в них он обычно щеголял, когда попадал в Гоа или Малакку) и облачился в рубище. В рубище и отрепьях он снова отправился в Японию, на этот раз во главе дипломатической миссии, посланной вице-королем и гоанскими иезуитами. В 1554 году Мендес Пинто прибыл в Японию, но миссия его успехом не увенчалась. Иезуиты, оставленные в этой стране Франциском Ксаверием, успели между собой перессориться. К тому же в Японии начались смуты, и Мендес Пинто поспешил вернуться в Гоа.

Здесь он пережил серьезный кризис. В иезуитах он горько разочаровался, и в нем снова пробудились былые страсти. Однако из ордена уйти было очень трудно. Мендес Пинто решился на это, зная, что разрыв с иезуитами чреват опасными последствиями. Правда, в сокровищнице ордена ему пришлось оставить несколько тысяч эскудо, но и себе он припас на черный день тысчонок десять — двенадцать. Покинув иезуитский орден, Мендес Пинто в сентябре 1558 года отплыл на родину и, прибыв туда, поселился в Прагале. О последних годах его жизни выше уже говорилось. Добавим, что в Лиссабоне затеряли бумаги Мендеса Пинто, в которых отмечены были его заслуги, поэтому ему было отказано в пенсии. Показательно, однако, что после вторжения в Португалию испанцев скупой, как Шейлок, король Филипп II пожаловал Мендесу Пинто ежегодное вспомоществование. Выдавалось оно натурой, выдавать велено было две меры зерна.

Таков жизненный путь автора «Странствий». Он сложен, но еще сложнее и по замыслу и по композиции его книга.

Это и пиратский роман, и путевые описания, и полуутопии с псевдореалиями географического плана, и исторические хроники, и которых автор выступает как очевидец тех или иных достопамятных событий, не всегда свершавшихся в действительности.