Возможно, однако, что мечеть не была достроена. С уходом турок местные жители начали разбирать ее на строительный материал для крепостных сооружений города. Сельджуки покинули Крым два года спустя, в связи с тем, что в Конию вторглись монголо-татары. Интересно, что, вернувшись на родину, Ала-ад-дин-Кей-Кубад построил в городе Нигде мечеть, похожую на судакскую, но меньших размеров.

Мирная жизнь после ухода сельджуков продолжалась недолго. Уже в 1223 г. в Крым ворвались монголо-татары и захватили Сугдею. "В тот же день пришли первые татары", - сообщает запись на полях Синаксаря от 27 января 1223 г.

Более подробно о нападении монголо-татар и его последствиях для города рассказывает арабский писатель Ибн-ал-Асир:

"Придя к Судаку, татары овладели им, а жители разбрелись, некоторые из них со своими семействами и своим имуществом взобрались на горы, а некоторые отправились в море... С тех пор как вторглись татары, не получалось от них (кыпчаков) ничего по части буртасских мехов, бобров и другого, что привозилось из этой страны".

Монголо-татары вскоре покинули Крым, и временно нарушенные торговые связи Сугдеи были восстановлены. Однако в 1239 г. они вновь появились в Крыму и на этот раз остались здесь надолго. Крымский полуостров становится улусом Золотой Орды. В Синаксаре появляются записи, связанные с новыми нашествиями. "В тот же день пришли татары", гласит запись от 26 декабря 1239 г. А 27 апреля 1249 г. сообщается: "В тот же день очищено от татар все... и сосчитал севаст (правитель) народ... и праздновал торжественно".

Монголо-татары обложили Сугдею данью, однако город остался фактически независимым. Биллем Рубрук в 1253 г. писал, что не застал в городе властей, так как местные начальники отправились зимой к Батыю с данью и к маю месяцу еще не вернулись. Самостоятельность Сугдеи подтверждает факт существования так называемых солдайских аспров (мелкой серебряной монеты), упоминаемых в нотариальных актах Солдайи 1274 г. и Каффы 1290 г.