Ввиду всех этих угрожающих действий правительство прибегло к решительной мере – объявило общий рекрутский набор в Царстве не по жребию, а по именному призыву, ограничивая его городским населением и теми из сельских жителей, которые не занимаются хлебопашеством. Мера эта довела до последней степени раздражения революционную партию, и вот, в начале 1863 г., когда последовало объявление о рекрутском наборе, революционный комитет призвал всех поляков к оружию. В ночь с 10 на 11 января на наши отряды, расположенные в разных местах Царства, сделано было нападение. Предприятие это, в общем, не удалось. Когда последняя попытка, сделанная правительством к примирению, именно дарование прощения тем, кто до 1 мая сложит оружие, не привела ни к чему, то правительство приняло энергичные меры к подавлению восстания. Заступничество западных держав, приславших свои ноты по польскому вопросу, было отклонено, а общее негодование, охватившее Россию благодаря назойливому и задорному тону этих нот и выразившееся в целой массе адресов от всех дворянских собраний, выражавших государю свою преданность и готовность умереть за него, заставило непрошеных заступников отступиться от своих требований. Восстание было подавлено благодаря энергичным действиям наместника Варшавы графа Берга и виленского генерал-губернатора графа Муравьёва. Вслед за тем предпринят был ряд мер, содействовавших окончательному умиротворению Польши, причём главными деятелями на этом поприще были князь Черкасский и Н. А. Милютин. Польским крестьянам дарована поземельная собственность и мирское самоуправление, города и местечки освобождены от вотчинной зависимости по отношению к помещикам, в губерниях (которых число от 5 увеличено до 10) и уездах введено управление, подобное действовавшему в империи, и т.п. В 1869 г. (28 марта) возвещена была высочайшая воля о принятии мер к полному слиянию Царства с прочими частями империи и об упразднении с этою целью всех центральных в Царстве правительственных учреждений. Наконец в 1869 г. взамен главной школы в Варшаве учреждён Императорский университет.