Таким образом Б.И. Морозов и тесть его И.Д. Милославский приобрели первенствующее значение при дворе. К этому времени, однако, уже ясно обнаружились результаты плохого внутреннего управления Б.И. Морозова. Царским указом и боярским приговором 7 февраля 1646 г. установлена была новая пошлина на соль. Эта пошлина заменила не только прежнюю соляную пошлину, но и ямские и стрелецкие деньги; она превосходила рыночную цену соли — главнейшего предмета потребления — приблизительно в полтора раза и вызвала сильное недовольство со стороны населения. К этому присоединились злоупотребления Д.И. Милославского и молва о пристрастии царя и правителя к иностранным обычаям. Все эти причины вызвали бунт народный в Москве и беспорядки в других городах; 25 мая 1648 г. народ стал требовать у царя выдачи Б.Морозова, затем разграбил его дом и убил окольничего Плещеева и думного дьяка Чистого. Царь поспешил тайно отправить любимого им Б.И. Морозова в Кириллов монастырь, а народу выдал окольничего Траханиотова. Новая пошлина на соль отменена была в том же году. После того как народное волнение стихло, Морозов возвратился ко двору, пользовался царским расположением, но не имел первенствующего значения в управлении. Царь Алексей возмужал и уже более не нуждался в опеке; сам он писал Никону в 1651 г., что «слово его стало во дворце добре страшно». Слова эти, однако, на деле не вполне оправдались. Мягкая, общительная натура царя нуждалась в советчике и друге. Таким «собинным», особенно любимым, другом стал Никон. Будучи в то время митрополитом в Новгороде, где со свойственною ему энергией он в марте 1650 г. усмирял мятежников, Никон овладел доверием царским, посвящен был в патриархи 25 июля 1652 г. и стал оказывать прямое влияние на дела государственные. Из числа последних особенное внимание правительства привлекали внешние сношения.

Еще в конце 1647 г. казацкий сотник Зиновий Богдан Хмельницкий бежал из Украины в Запорожье, а оттуда в Крым. Возвратившись с татарским войском и избранный в гетманы казацкою радой, он поднял всю Украину, поразил польские войска при Желтых Водах, Корсуне, Пилаве, осаждал Замостье и под Зборовом заключил выгодный мир; потерпев неудачу под Берестечком, он согласился под Белою Церковью на мир гораздо менее выгодный, чем Зборовский.