Отсюда возникла вторая польская война. В июне 1660 г. князь Хованский потерпел поражение у Полонки, в сентябре — Шереметев под Чудновом. Дела приняли еще более опасный оборот благодаря продолжавшимся в Малороссии смутам. Тетеря присягнул королю, который явился на левой стороне Днепра, но после неудачной осады Глухова, в начале 1664 г., и успешных действий его противников — Брюховецкого, избранного гетманом на левой стороне Днепра, и князя Ромодановского, ушел за Десну. А. Ордын-Нащокин советовал царю отказаться от Малороссии и обратиться на Швецию. Алексей Михайлович отклонил это предложение; он не терял надежды. Благоприятному исходу борьбы способствовали внутренние беспорядки в Польше и переход гетмана Дорошенко, преемника Тетери, в подданство турецкому султану. 13 января 1667 г. заключен был мир в деревне Андрусове. Царь Алексей, по этому миру, приобрел Смоленск, Северскую землю, левую сторону Днепра и, кроме того, Киев на два года.

Во время войн 1654-1658 гг. царь часто отсутствовал в Москве, находился, следовательно, вдали от Никона и присутствием своим не сдерживал властолюбия патриарха. Возвратившись из походов, он стал тяготиться его влиянием. Враги Никона воспользовались охлаждением к нему царя и непочтительно стали относиться к патриарху. Горделивая душа архипастыря не могла снести обиды; 10 июля 1658 г. он отказался от своего сана и уехал в Воскресенский монастырь. Государь, однако, не скоро решился покончить с этим делом. Лишь в 1666 г. на духовном соборе, под председательством Александрийского и Антиохийского патриархов, Никон был лишен архиерейского сана и заточен в Белозерский Ферапонтов монастырь. В тот же период войн (1654-1667 гг.) царь Алексей лично побывал в Витебске, Полоцке, Могилеве, Ковно, Гродно, особенно в Вильне и здесь ознакомился с новым образом жизни; по возвращении в Москву он сделал перемены в придворной обстановке. Внутри дворца появились обои (золотые кожи) и мебель на немецкий и польский образец. Снаружи резьба не производилась лишь на поверхности дерева по русскому обычаю, а стала фигурной, во вкусе рококо.