Афанасий Иванович пошел по пути отца: начальное и среднее образование получил в Орловском духовном училище и Орловской духовной семинарии. Учился он весьма похвально: вышел третьим учеником, и как писал о нем впоследствии протоиерей Павел Тихвинский, знавший его по Орлу, «Афанасий Иванович Булгаков – это человек определенного характера и направления. Усидчивый, трудолюбивый, довольно серьезный и ко всему тому искренне-религиозный, он производил выгодное впечатление. В церкви он всегда читал и пел на левом клиросе» [110].

О своих отличниках семинария пеклась и заботилась об их дальнейшей карьере. В 1881 году Афанасий Иванович в соответствии с полученным в орловской семинарии предписанием, а также материальным обеспечением поступил в Киевскую духовную академию на церковно-историческое отделение. Сохранился довольно любопытный документ этого времени, который привела в книге «Творческий путь Михаила Булгакова» Лидия Яновская.

«Я, нижеподписавшийся студент Орловской духовной семинарии Афанасий Булгаков, предназначенный правлением семинарии к отправлению в Киевскую духовную академию, дал сию подписку правлению означенной семинарии в том, что по прибытии в академию обязуюсь не отказываться от поступления в оную, а по окончании в оной курса – от поступления на духовно-училищную службу» [159; 6].

О периоде учебы давшего это серьезное обязательство студента можно судить по недавно опубликованным в журнале «Октябрь» письмам Афанасия Ивановича его другу В. М. Позднееву. Живые, полные юмора и вместе с тем очень серьезные, глубокие строки замечательно рисуют облик взыскательного отца Михаила Булгакова и атмосферу того места и времени, где и когда Афанасий Иванович учился, а также выявляют значительную степень неудовлетворенности студента «духовки» и ее будущего профессора тогдашним уровнем преподавания. Так, 5 декабря 1881 года первокурсник Булгаков писал: