В 1885 году Афанасий Иванович с успехом закончил Академию. По стопам своего родителя и деда он не пошел и священником не сделался. В этом тоже была примета времени – очень многие ученики духовных училищ отказывались следовать по пастырскому пути. Как относился к выбору старшего сына Иван Авраамиевич, остается только гадать, но, судя по тому, что двое других его сыновей по духовной стезе пошли не сворачивая (братья Афанасия Ивановича с успехом учились в духовных семинариях и академиях и стали священниками: Михаил Иванович служил в Люблинской губернии, а Петр Иванович в русской миссии в Токио), в семье Булгаковых пастырская традиция сохранялась. Да и сам Афанасий Иванович, хотя и не принял сана, все равно свою жизнь связал с Церковью, точнее с церковным образованием и просвещением. В течение двух лет с сентября 1885-го по сентябрь 1887 года он преподавал греческий язык в Новочеркасском духовном училище. Провинциальная холостая жизнь его сильно томила, и позднее он писал своему товарищу о «тягости, которая была связана с употреблением вина и водки в Новочеркасске», и о том, что «бывают дни хандры, но выпьешь с горя и забудешь всю тоску кручину. А кручиниться есть от чего: эх, если бы ты знал да ведал…». Однако духом не падал, продолжал заниматься наукой и представил в январе 1887 года в Совет Киевский духовной академии диссертацию «Очерки истории методизма» на соискание магистерской степени. Тема эта, учитывая географическое положение Академии и ее нацеленность на изучение и критику западных вероисповеданий, была и традиционной, и актуальной, а работа, судя по отзыву, составленному о. Философом Орнатским

Сначала Афанасий Иванович занял вакантное место преподавателя на кафедре древней гражданской истории, а два года спустя перешел на более близкую ему по научным интересам кафедру истории и разбора западных вероисповеданий, где оставался до конца дней, проделав путь от доцента до ординарного профессора. С той поры с Киевом была связана вся его жизнь. «Правда, что у меня в Киеве почти никого знакомых, но тут я по крайней мере всегда могу найти себе дело по душе, прогулку по желанию», – писал он Позднееву еще в ту пору, когда древняя русская столица была для него только мечтой.